W 1758 nieudany zamach na króla Józefa I (1750–77) stał się pretekstem do walki z jezuitami, którzy posiadali w tym czasie znaczne wpływy polityczne. Ich gł. przeciwnikiem był minister króla, markiz de Pombal (S.J. Carvalho), sprawujący rządy w duchu oświeconego absolutyzmu. Pombal oskarżył jezuitów o spisek i domagał się rozwiązania zakonu, grożąc najazdem zbrojnym na Państwo Kościelne. Jednym z epizodów tej wojny było opublikowanie w P. antyjezuickiego paszkwilu Dedukcja chronologiczna, obwiniającego jezuitów o wszystkie nieszczęścia kraju. Walka zakończyła się triumfem Pombala: dekretem z 1759 jezuici zostali wygnani z P., zniesiono także działalność szkół jezuickich, 1773 papież Klemens XIV dokonał kasaty zakonu. W 1760 z P. został wydalony nuncjusz papieski, w tym samym roku uwięziono wielkiego inkwizytora. Kościól katol. w P. stał się narzędziem w rękach Pombala (rozważano nawet możliwość ustanowienia niezależności od Rzymu). W dekrecie z 1769 Pombal głosił konieczność istnienia specjalnych służb broniących czystości religii.