Pod presją opinii publicznej 1925 patriarcha Tichon został zwolniony z więzienia i w swym ostatnim orędziu wezwał wiernych do lojalnej postawy wobec władzy sowieckiej. W podobnym tonie wypowiedział się 1927 metropolita Sergiusz, który pełnił funkcję strażnika tronu patriarchalnego. Dzięki tym deklaracjom udało się w latach największych prześladowań utrzymać struktury Kościoła. W 1929 nastąpiła kolejna fala represji wobec Kościoła prawosławnego. Jego zakres działania ograniczono wyłącznie do liturgii, zakazując działalności pedag., kult. i charytatywnej. Na mocy poprawki do konstytucji 1929 jedynym dopuszczalnym światopoglądem był marksizm. Duchownych pozbawiano praw obywatelskich, odebrano im kartki żywnościowe, a ich dzieciom odmówiono prawa do edukacji. Władze wspierały działalność Stow. Wojujących Bezbożników, prowadzącego przymusową ateizację. Tylko 1929 ponad 100 biskupów i 80% duchownych zostało deportowanych na północ kraju, zniszczono ponad 1,4 tys. cerkwi. W 1932 doszło do licznych pogromów zakonników. Złagodzenie terroru wobec Kościoła nastąpiło dopiero 1934–36. Konstytucja z 1936 przywracała duchownym prawa obywatelskie.