W 1990 patriarcha Teoktyst (zwierzchnik Kościoła od 1986) zrezygnował ze swej funkcji (1991 Święty Synod przywrócił mu godność patriarchy). W 1995 w R. działało 28 seminariów, a wyższe studia teol. zostały włączone do systemu kształcenia państw. uniwersytetów, rozwijało się życie monastyczne (ponad 200 prawosł. klasztorów męskich i ok. 130 żeńskich). W 1993 patriarchat rumuński ustanowił jurysdykcję na obszarach należących po I wojnie świat. do R.: północnej Bukowinie (Ukraina) i Besarabii (Rep. Mołdawska). W wyniku tej decyzji prawosławni z terenu Mołdawii zostali podzieleni między 2 jurysdykcje (niezależnego Kościoła prawosł. w Mołdawii i Kościoła prawosł. w R.). W 1995 rumuński metropolita Besarabii skierował protest do Rady Europy, oskarżając rząd Mołdawii o nierespektowanie jego jurysdykcji. Poza R. patriarchatowi rumuńskiemu podlegają 4 diecezje i 2 wikariaty w Ameryce Pn., Australii i W. Brytanii.