Po objęciu tronu portugalskiego przez Sancho II (1223–48) w kraju zapanowała anarchia. Biskupi składali w Rzymie skargi na szerzące się bezprawie, 1229 interweniował w P. legat papieski. W 1245 na polecenie papieża wyższe duchowieństwo i rycerstwo wezwało Alfonsa III z Boulogne, brata Sancho II, do objęcia tronu P. Przed wyruszeniem do kraju podpisał on w Paryżu, w obecności biskupów portugalskich, zobowiązanie m.in. o respektowaniu immunitetów kościelnych. Sancho II nie podporządkował się decyzji papieża: wybuchła wojna domowa 1246–47 zakończona zwycięstwem Alfonsa III (1248–79). Król zakończył rekonkwistę Algarve, odebrał Kościołowi bezprawnie posiadane ziemie i ok. 1255 przeniósł stolicę państwa z Coimbry do Lizbony. Kres długotrwałym zatargom z Kościołem położył konkordat, zawarty 1289 przez króla Dionizego I (1279–1335). W 1317 król powołał Zakon Chrystusa, zapewniając mu przejęcie majątku po portugalskiej gałęzi templariuszy, 1290 założył uniw. w Lizbonie (1308 przeniesiony do Coimbry). W 1340 na Płw. Iberyjski wkroczyły wojska muzułmańskich Marynidów z zamiarem zapoczątkowania inwazji na ziemie chrześcijańskie. Połączone siły króla Kastylii Alfonsa XI i króla P. Alfonsa IV Dzielnego (1325–57) stoczyły zwycięską bitwę z najeźdźcą nad rz. Salado. Była to ostatnia poważna groźba rekonkwisty ze strony muzułmanów.