Rewolucja 1820 i jej przywódcy zostali ogłoszeni przez kler „wrogami tronu i ołtarza”. W momencie wybuchu rewolucji do Kościoła katol. należało ok. 1/3 gruntów uprawnych, tysiące budynków i niezliczone dzieła sztuki zgromadzone w kościołach i klasztorach. Na mocy dekretu z 1834, wydanego z inicjatywy J.A. de Aguiara, zw. Mata-Frades [‘rzezimnich’], dokonano kasaty większości zakonów i znacjonalizowano ich dobra (1864 po wprowadzeniu ustroju republikańskiego po raz drugi przeprowadzono sekularyzację). Majątki kośc. zostały wystawione na sprzedaż, w rękach państwa pozostały jedynie duże klasztory, stając się siedzibą urzędów, sądów, koszar. W 1910 doszło do poważnego konfliktu kleru katol. z ruchem republikańskim, nastawionym antyklerykalnie, upatrującym w duchowieństwie katol. gł. przeciwników republiki. Konstytucja z 1911 ustanawiała m.in. rodział Kościoła od państwa i ograniczała wpływy duchowieństwa. W latach 1932–68 władzę dyktatorską w P. sprawował A. Salazar, 1968–74 M.J. Caetano.