Po zwycięstwie nad muzułmanami (26 VII 1139) pod Ourique ogłosił się królem niezależnego państwa ze stolicą w Coimbrze. W październiku 1143 legat papieski, kard. Guido de Viço, który przybył na Płw. Iberyjski, aby uregulować sprawy organizacji kośc. na tym terenie, spotkał się w Zamorze z królem Leónu oraz Alfonsem I, prawdopodobnie z zamiarem pogodzenia obu władców, których waśnie przynosiły korzyści Maurom i zagrażały interesom chrześcijaństwa (Alfons VII zaakceptował tytuł król. Alfonsa I). W grudniu 1143 w liście do Innocentego II Alfons I uznał zwierzchnictwo papieża oraz zobowiązał się do płacenia trybutu, nie zyskał jednak poparcia papieża. W 1179 niezależność P. została oficjalnie uznana przez papieża Aleksandra III. Król Alfons I nie sprzeciwiał się szerokim przywilejom Kościoła katol. i przyczynił się do powiększenia jego stanu posiadania. Zobowiązał się m.in. do respektowania przywilejów arcybiskupstwa w Bradze, nadał mu prawo bicia własnej monety (celem pokrycia kosztów budowy katedry w Bradze, wzniesionej 1070), w zamian za co arcybp Paio Mendes, a także jego następca, arcybp Dom João Peculiar, byli gł. sprzymierzeńcami Alfonsa I w jego walce o niepodległość. Król był także wielkim protektorem zakonów: 1162 powołał zakon rycerski Aviz do walki z muzułmanami, nadał dobra ziemskie m.in. szpitalnikom i templariuszom, sprowadził do P. cystersów, dla których 1152 ufundował klasztor w Alcobaça.