W 1652 godność patriarchy uzyskał Nikon (1605–81), który 1654–56 przeprowadził reformę liturgiczną. Przeciwko reformom Nikona wystąpiła opozycja skupiona wokół protopopa Awwakuma Pietrowicza (1620 lub 1621–1682). Zwołany do Moskwy sobór 1666 zatwierdził reformy Nikona i potępił zwolenników Awwakuma (staroobrzędowcy). Awwakum został wtrącony do więzienia w Pustoziersku, a 1682 z rozkazu cara spalony na stosie. W 1667 patriarchę Nikona z powodu rządów teokratycznych postawiono przed sądem kośc., pozbawiono funkcji i zesłano do monastyru Kiriłło-Biełozierskiego na północy kraju. Osłabiony Kościół prawosł. nie potrafił skutecznie przeciwstawić się reformom Piotra I Wielkiego (1682–1725, od 1721 cesarz), który po śmierci patriarchy Adriana (1700) nie dopuścił do wyboru jego następcy. Ostatecznie Piotr I zniósł patriarchat, zastępując go instytucją Świątobliwego Synodu, którego członków sam mianował. Rzeczywistą władzę w Świątobliwym Synodzie sprawował carski urzędnik świecki, oberprokurator. Za panowania Piotra I, R. brała udział w wojnie północnej (1700–21), uzyskując dostęp do M. Bałtyckiego, co umożliwiło jej nawiązanie bezpośrednich kontaktów handl. z Anglią, Holandią i Francją. W 1703 przeniesiono stolicę państwa z Moskwy do Petersburga, położonego u ujścia rz. Newy.