Kultura rel. XIII–XIV w. rozwijała się w klasztorach (działalność kaznodziejska św. Antoniego z klasztoru Santa Cruz w Coimbrze). Z Kościołem związany był także wybitny znawca nauki arabskiej i jej propagator, arcybp Bragi, Piotr Hiszpan (1276 obrany papieżem, przyjął imię Jan XXI). Ogromny wpływ Kościoła zaznaczył się w dziedzinie architektury: pierwsze kościoły got. wznoszono dla zakonów franciszkanów i dominikanów, które osiedliły się w P. ok. 1220. W XIII–XV w. zbudowano kilkadziesiąt kościołów got. na południu kraju (m.in. Św. Dominika w Elvas, Św. Franciszka w Santarém i Estremoz, Św. Klary w Santarém i Coimbrze). Wielkie klasztory i katedry utrzymywały szkoły (najstarsza wzmianka o studentach pochodzi z 1072 i dotyczy Bragi). W 1288 przełożeni kilku zakonów (Alcobaça, Santa Cruz, Santa Maria w Guimarães i San Vicente w Lizbonie) uzyskali od papieża zgodę na przeznaczenie części swych dochodów na utrzymanie Estudo Geral w Lizbonie, kształcącego kler: 1290 król Dionizy I ogłosił utworzenie pierwszego w P. uniwersytetu (1308 przeniesiony do Coimbry). Istniały także szkoły niezależne od Kościoła, działające przy synagogach.