Po zdobyciu przez Turków Konstantynopola (1453) papież ogłosił krucjatę przeciw niewiernym. Król Alfons V Afrykański (1438–81) żarliwie poparł tę ideę i zobowiązał się wesprzeć walkę z muzułmanami armią 12 tys. żołnierzy. Po śmierci papieża projekt krucjaty zarzucono. Za panowania Jana II (1481–95) doszło do walki między władzą król. i panami feudalnymi: wielu przedstawicieli arystokracji oskarżonych zostało o spisek i zgładzonych, prześladowania nie ominęły także duchowieństwa (bp Évory został otruty z rozkazu króla, kard. Jorge da Costa wyjechał do Rzymu). W 1492 Królowie Katoliccy wydali dekret nakazujący Żydom opuszczenie Aragonii i Kastylii. Ludność żyd., szukająca schronienia w P., uzyskała zgodę Jana II (za opłatą) na czasowy pobyt w jego kraju (ponad 100 tys. uchodźców). W 1496 Manuel I Szczęśliwy (1495–1521) nakazał Żydom i muzułmanom opuszczenie P. lub przyjęcie chrztu (wprowadzono m.in. przymusowe chrzty dzieci, synagogi zamieniono na kościoły, jednocześnie zagwarantowano tzw. nowym chrześcijanom przez 20 lat tolerancję wobec ich życia rel.). Scalenie „nowych” i „starych” chrześcijan stało się trudnym zadaniem: 1506 w Lizbonie doszło do krwawych prześladowań „nowych chrześcijan” (ponad 2 tys. ofiar).