W XVI w. coraz silniejszą pozycję w państwie zaczął odgrywać kler, a władza rel. splatała się z cywilną, o czym świadczy m.in. powołanie przez króla Jana III Rady Sumienia i Rządów (Mesa da Consciência e Ordens), pod przewodnictwem biskupów, decydującej o sprawach dotyczących „sumienia króla”. W 1581 na króla P. zaprzysiężono Filipa II hiszp., który za swój najważniejszy obowiązek uznawał obronę religii katol. przed zagrożeniami z strony reformacji i islamu. Ogłoszony wówczas nowy statut państwa gwarantował autonomię administracyjną P., w dziedzinie spraw kośc. zaś m.in. prawo obsadzania na stanowiskach kośc. i biskupstwach wyłącznie Portugalczyków. W okresie 1580–1620 nastąpiła stabilizacja polit. i znaczna poprawa sytuacji ekon. kraju, o czym świadczy m.in. budowa i przebudowa wielkich obiektów sakralnych (np. kościołów Św. Rocha i Św. Wincentego w Lizbonie, nowej katedry oraz kościołów Św. Benedykta i Św. Franciszka w Coimbrze). Z czasem polityka hiszp. wobec P. uległa zmianie i nasiliły się dążenia do zniesienia jej niezależności. Po powstaniu antyhiszp. 1640 władzę w P. objął król Jan IV Szczęśliwy. W 1668 Hiszpania uznała niepodległość P. (1669 zatwierdzona przez papieża).