W 1531 król Jan III Pobożny (1521–57) zwrócił się z prośbą do papieża o wydanie zgody na zorganizowanie inkwizycji w P. („nowi chrześcijanie” zaprotestowali, twierdząc, że działania te mają na celu zagarnięcie ich majątków), 1536 papież wydał bullę powołującą inkwizycję. Represje dotknęły gł. ludność żyd., oficjalnie deklarującą przynależność do wyznania katol., skrycie praktykującą judaizm (uznawano to za zbrodnię apostazji, karano śmiercią i konfiskatą mienia). W 1541 odbyło się pierwsze auto-da-fé, przez ponad 140 lat (do 1684) na stosach spłonęło ok. 1,4 tys. osób (gł. oskarżonych o judaizm, czary i obrazę obyczajów), zachowały się akta ponad 20 tys. procesów. Działalność inkwizycji w XVI–XVII w. poważnie wkroczyła w sferę społ. (doniesienie o zbrodni przeciw wierze należało do powinności rel.) i kult. (cenzura intelektualna), doprowadziła do izolacji P. od eur. myśli, a przede wszytkim uzewnętrzniła ducha rel. nietolerancji.