W XIX w. na terenie Imperium Ros. doszło licznych powstań nar. i wystąpień chłopskich. Pod ich wpływem Aleksander II Romanow (1855–81) przeprowadził uwłaszczenie chłopów (1861), reformy wojsk., sądownicze i administracyjne. Jego syn, Aleksander III (1881–94), prowadził reakcyjną politykę, ograniczył wiele reform wprowadzonych przez ojca. Kościół prawosł. poparł zniesienie poddaństwa, ale niechętnie odniósł się do wszelkich idei rewolucyjnych i socjalist., popularnych wśród ros. inteligencji. W środowisku wyższego duchowieństwa odradzały się tendencje do uniezależnienia Kościoła od państwa. Zwolennikiem autonomii Kościoła był m.in. metropolita moskiewski Filaret (1783–1867). Część biskupów, nie mogąc uwolnić Kościoła od wpływu państwa, wybierała życie w klasztorze, np. Ignatij Brianczaninow (1807–67) czy Teofan Pustelnik (1815–94). Odmienną postawę ros. duchowieństwa reprezentował św. Iwan z Kronsztadu (1829–1909), który propagował udział w codziennej liturgii, pomoc biednym, głosił potrzebę niesienia oświaty masom. W XIX w. Ros. Kościół Prawosł. wzmógł działalność misyjną na Syberii, Dalekim Wschodzie, Alasce i Bliskim Wschodzie, prowadzoną m.in. wśród wyznawców islamu i buddyzmu. Na terenie Jerozolimy i Palestyny, Tow. Rosyjskie wspierało prawosł. Arabów i sprawowało opiekę nad wieloma miejscami świętymi.