Zmiany te nie poprawiły jednak sytuacji Kościoła. Kolejne czystki 1937–38 objęły również duchowieństwo prawosł., zlikwidowano wszelkie przejawy zewn. życia rel. Kościoła, zamknięto 12 tys. cerkwi, rozstrzelano lub deportowano tysiące duchownych (zamordowano m.in. wybitnego teologa i duchownego prawosł. P. Fłorienskiego). W sumie w łagrach zginęło ok. 40 tys. księży (85% ogólnej liczby duchowieństwa) i ponad 600 biskupów (95%). Do tej liczby należy dodać dziesiątki tys. świeckich chrześcijan. W 1939 pozostało zaledwie kilkaset parafii z 54 tys. istniejących 1917. Represje dotknęły także inne wyznania, np. z 611 parafii katol. pozostały jedynie 2 — w Moskwie i Leningradzie. O skali ateizacji społeczeństwa częściowo informują wyniki spisu ludności z 1937. Przynależność do prawosławia deklarowało 42,3% społeczeństwa, do islamu — 8,4%, do protestantyzmu — 0,5%, do katolicyzmu — 0,5%, do judaizmu — 0,3%, do buddyzmu i lamaizmu — 0,1%. Niewierzący stanowili ponad 42,9% ludności kraju. Na takie wyniki wpływ miało także odłączenie od R. po 1918 katol. Polski i Litwy, protest. Finlandii, Estonii i Łotwy, prawosł. Besarabii, zach. Białorusi i Ukrainy oraz skomunizowanie ludności żydowskiej.