W październiku 1992 parlament czechosłowacki przyjął ustawę o powstaniu od 1 I 1993 suwerennych Czech i S. Po 1989 nastąpiło odrodzenie życia rel. na terenie S. Konstytucja Rep. Słowackiej z 1 IX 1992 (uchwalona jeszcze przed formalnym podziałem Czechosłowacji) gwarantuje obywatelom wolność sumienia i wyznania, swobodę wyrażania poglądów rel. i nauczania religii. Od 1993 większość Kościołów zmieniła swe struktury, dostosowując je do nowych warunków politycznych. Również zał. 1955 Rada Ekumeniczna Kościołów w Czechosłowacji podzieliła się na 2 niezależne organizacje. Rada Ekumeniczna Kościołów w Rep. Słowackiej skupia obecnie 8 Kościołów mających status pełnoprawnych członków oraz 3 Kościoły o charakterze obserwatorów. Podpisany 24 XI 2000 konkordat między Rep. Słowacką a Stolicą Apostolską (ratyfikowany przez parlament 30 XI tegoż roku) oraz dodatkowe dokumenty, dotyczące m.in. finansowania Kościoła katol., nauczania religii w szkołach publicznych i katol. duszpasterstwa w armii słowackiej, stały się przyczyną protestów przedstawicieli pozostałych Kościołów i związków wyznaniowych przeciw naruszaniu konstytucyjnej zasady rozdziału Kościoła i państwa oraz przeciw uprzywilejowanej pozycji Kościoła katol. na S.