W epoce N. Chruszczowa (1953–64) ponownie doszło do prześladowań Kościoła i represji wobec duchowieństwa. W 1961 duchownym odebrano opiekę nad parafiami, a ich miejsce zajęli świeccy administratorzy. Do 6,5 tys. została zredukowana liczba parafii. Rada ds. Wyznań przy Radzie Ministrów sprawowała całkowitą kontrolę nad hierarchią cerkiewną. Politykę tę kontynuowano w czasach L. Breżniewa (1964–82). W 1970 patriarchą został metropolita Pimen. Zachowywał on postawę lojalną wobec władzy komunist., za co był często krytykowany przez młodą inteligencję, która od 1974 powracała do chrześcijaństwa. Pomimo prześladowań na pocz. lat 80. z tego grona wyrósł wybitny teolog chrześc., A. Mień, skrytobójczo zamordowany 1990. Na postawę młodej inteligencji i duchowieństwa istotny wpływ wywarły prawosł. ośrodki emigr., zwł. w Paryżu. W Inst. Teologicznym Św. Sergiusza S. Bułhakow, N. Bierdiajew, L. Szestow, G. Fłorowski, W. Łosski, A. Schmemann, M. Afanasjew, L. Uspienski i J. Meyerdorff stworzyli podwaliny pod współcz. myśl teol. ros. prawosławia i wywarli duży wpływ na naukę innych Kościołów wschodnich.