Po upadku państwa wielkomorawskiego (pocz. X w.) ziemie obecnej S. stały się przedmiotem rywalizacji Czech, Polski (za Bolesława I Chrobrego) i Węgier, w XI w. zostały włączone do węgierskiego systemu administracji państw. i kośc. (arcybiskupstwo w Ostrzyhomiu, węg. Esztergom). Na pocz. XI w. w okolicach Nitry (Zabor) prowadził działalność zakonną i misyjną św. Andrzej Świerad. Od XII w. rozpoczęła się intensywna kolonizacja niem. (lokacje miast: Preszburg — ob. Bratysława, a także Koszyce, Kieżmark i in.), od północy osadnictwo pol. (Spisz, Orawa); osiedlały się na S. wspólnoty zakonne (m.in. benedyktyni, bożogrobcy, cystersi, kartuzi); od XIII w. w zachodniej S. rozwijało się górnictwo. W okresie wojen husyckich od 1427 ziemie S. podlegały najazdom taborytów (ucierpiały m.in. Bardiów, Kieżmark, Spišska Kapitula, klasztory w Lechnicy, Lendaku, Kláštorisku, Spišskim Št’avniku). W 1526 S. wraz z Czechami i Węgrami weszła w skład monarchii Habsburgów. W 1540, po zajęciu środk. Węgier przez Turków, S. przejęła większość funkcji administracji węgierskiej, siedziba arcybiskupstwa węgierskiego została przeniesiona z Ostrzyhomia do Trnavy. Do schyłku XVII stulecia S. była terenem pogranicznych starć z Turkami, nastąpił upadek gospodarczy. W 1549 wsch. część S. przyjęła Confessio Pentapolitana, oprac. przez L. Stöckla, ucznia M. Lutra i rektora szkoły w Bardiowie.