W okresie panowania Alfonsa II Grubego (1211–22) doszło do konfliktu z wyższym duchowieństwem. Król dążył do ograniczenia immunitetów kleru: narzucenia sądownictwa król. wobec osób związanych z Kościołem, odebrania Kościołowi i zakonom rycerskim posiadanych przez nie ziem i zmuszenia mieszkańców terytoriów podległych Kościołowi do wykonywania prac na rzecz króla. Gwałtowny konflikt z Kościołem wybuchł w związku z colheitas (podatek na utrzymanie dworu król., ściągany w miejscowości, w której aktualnie przebywał władca). Arcybiskup Bragi obłożył króla klątwą (1219), na co Alfons II odpowiedział atakiem wojsk na ziemie arcybiskupstwa. W 1220 papież zwolnił jego poddanych od posłuszeństwa królowi. Po śmierci Alfonsa II (1222) Kościół odmówił mu prawa do chrześc. pogrzebu. Walka króla z feudalizmem kośc. znalazła odzwierciedlenie w prawodawstwie, m.in. zakazie zakupu nieruchomości przez zakony oraz wprowadzeniu inquirições [‘dochodzenia’] — kontroli wszelkich dóbr i przywilejów ziemskich Kościoła.